Đề kháng có nghĩa là vi trùng giảm hoặc không phản ứng với kháng sinh, mặc dù kinh nghiệm khoa học cho thấy loại kháng sinh này sẽ phải tiêu diệt vi trùng. Vào đầu tuổi của kháng sinh, sức đề kháng phần lớn không được biết. Điều này là do phần lớn dân số chưa bao giờ tiếp xúc với thuốc kháng sinh trước đây.
Khi vi khuẩn và kháng sinh tiếp xúc ban đầu, thuốc có thể tiêu diệt mầm bệnh một cách nhanh chóng và đáng tin cậy. Ngày nay, hiếm có người nào không dùng thuốc kháng sinh ít nhất một lần. Hầu hết các tác nhân gây bệnh cũng đã tiếp xúc với một loại kháng sinh.
Nhiều chủng vi khuẩn vẫn đang phát triển các cơ chế để đảm bảo rằng kháng sinh, vốn rất có hại, không còn có thể gây hại cho chúng. Một cơ chế được gọi là đột biến. Ví dụ, nếu thuốc kháng sinh hoạt động bằng cách ức chế một enzym và nếu enzym này được chuyển đổi (đột biến) bởi vi khuẩn ở cấp độ di truyền phân tử, thì thuốc kháng sinh không còn có thể có đủ tác dụng.
Kháng sinh vi khuẩn chỉ có một điểm tấn công (ví dụ macrolide như erythromycin) thì đặc biệt dễ bị đề kháng. Nguyên nhân chính của sự phát triển kháng thuốc một mặt là do ngừng điều trị sớm và mặt khác là do sử dụng vội vàng kháng sinh. Các nghiên cứu báo cáo rằng cứ thứ hai bác sĩ kê đơn thuốc kháng sinh ngay cả khi đó không phải là vi khuẩn mà là do nhiễm vi rút.
Ở những nước mà thuốc kháng sinh được bày bán tự do trong siêu thị, tỷ lệ kháng thuốc tăng lên đáng kể. Ở Đức, có 7-8% khả năng chống lại penicillin. Ở các nước như Tây Ban Nha hoặc Đài Loan, một nửa số vi trùng đã được đề kháng.
Điều nguy hiểm là trong một số trường hợp nhất định, không có thuốc dự trữ nào có hiệu quả (ví dụ: macrolide trong trường hợp penicillin kháng thuốc) và các bệnh cần điều trị khẩn cấp không thể điều trị được nữa. E coli vi khuẩn có 30% khả năng chống lại doxycycline và cotrimoxazole. 10% phế cầu nguy hiểm, 50% nhiễm trùng đường tiết niệu vi trùng E. coli kháng thuốc tiêu chuẩn cũ amoxicillin. Vì lý do này, cũng có các chế phẩm kết hợp của amoxicillin với axit clavulanic. Tại đây, axit clavulanic đảm bảo sẽ loại bỏ cơ chế kháng thuốc của vi khuẩn.
Phát triển các loại thuốc mới
Trong một thời gian hiện nay, các nhóm kháng sinh mới đã được bán trên thị trường, được sử dụng chủ yếu trong điều trị vi trùng đã trở nên kháng cự. Ketolide (telothromycin) đã được phê duyệt để điều trị nhiễm trùng trên và dưới đường hô hấp kể từ năm 2001. Chúng hoạt động bằng cách ức chế sự tổng hợp protein của vi khuẩn nằm trên cái gọi là ribosome.
Các oxalidinones hoạt động bằng cách ức chế sự tổng hợp protein của vi khuẩn ở giai đoạn rất sớm. Các kháng cự vẫn chưa được mô tả. Các lĩnh vực ứng dụng chính là viêm phổi, nhiễm trùng da và mô mềm với các khóa học nghiêm trọng.